Formatação de Números

Se você deseja converter um double ou um BigDecimal de/para uma string em formato monetário - R$ 12.345.678,90 por exemplo - então use java.util.NumberFormat , método getCurrencyInstance. Isso economiza um monte de tempo tentando tirar e pôr pontos, vírgulas e outras coisas ineficientes (e que podem estar erradas também).
Exemplo:

import java.math.BigDecimal;
import java.text.DecimalFormat;
import java.text.NumberFormat;
import java.text.ParseException;
import java.util.Locale;

class NumberFormatComMoeda {
    public static void main(String[] args) {
        NumberFormat nf = NumberFormat.getCurrencyInstance (new Locale ("pt", "BR"));
        double d = 12345678.90;
        String s = nf.format (d);
        System.out.println (s); // deve imprimir "R$ 12.345.678,90"
        // Para os que preferem double:
        try {
            double d1 = nf.parse (s).doubleValue();
            System.out.println (d1); // imprime "1.23456789E7"
        } catch (ParseException ex) {
            ex.printStackTrace();
        }
        // Para os que preferem BigDecimal:
        ((DecimalFormat) nf).setParseBigDecimal(true);
        try {
            BigDecimal bd = (BigDecimal) (nf.parse(s));
            System.out.println (bd); // imprime "12345678.90"
        } catch (ParseException ex) {
            ex.printStackTrace();
        }
    }
}